L'Université comtoise, créée à Dole en 1423, a été transférée à Besançon en 1691 par décision du Roi Louis XIV. Elle était alors composée d'une seule faculté, la Faculté des Lettres. Ce n'est qu'en 1845 que l'université se développe avec la création d'une Faculté des Sciences. 

L'ancienne Faculté des Lettres est actuellement une Unité de Formation et de Recherche (UFR). Elle est l'une des principales composantes de l'Université de Franche-Comté. Elle a accueilli 4332 étudiants sur l'année universitaire 2018-2019.

 Cette composante pluridisciplinaire de l'Université de Franche-Comté est dédiée à l'enseignement des sciences humaines et sociales, des arts, des lettres et des langues.